Карьеру 24-летний баскетболист начинал в «Локомотиве», который в то время базировался в Минеральных Водах, пишет РИА Новости.
Потом играл за «молодежку» московского ЦСКА, за самарский ЦСК ВВС, в 2007 году стал игроком подмосковных «Химок», с которыми дважды становился серебряным призером чемпионата России. В 2009 году Шабалкин перешел в люберецкий «Триумф», но из-за травмы сезон для форварда сложился неудачно. Прошедший сезон Шабалкин провел в столичном «Динамо», сыграл за клуб 27 матчей, в среднем набирая 10,3 очка и делая 3,5 подбора за игру.
«Мы рады, что Никита оказался в нашем клубе. Уверен, что Шабалкин добавит разнообразия в нападении нашей команды и надежно отработает в защите, — считает генеральный директор «Локомотива» Андрей Ведищев. — Никита — опытный баскетболист, выступавший в разных клубах и проявивший себя в них с самой лучшей стороны. Я надеюсь, что Никита полностью раскроет свой потенциал именно в «Локомотиве».
Баскетболист воспринял переход в «Локомотив» как возвращение домой. «Локомотив» считаю родной командой. Когда поступило предложение из Краснодара, я как будто получил приглашение домой! Я рад, что буду выступать за кубанский клуб, — признался Шабалкин. — Это амбициозная команда, с высокими целями и задачами. И прошедший сезон наглядно показал, что «Локомотив» намерен бороться только за медали и готов твердо обосноваться на лидирующих позициях».
В сезоне-2010/11 «Локомотив-Кубань» в чемпионате Профессиональной баскетбольной лиги занял четвертую строчку, уступив в матче за третье место казанскому УНИКСу.
В составе молодежной команды страны Шабалкин стал чемпионом Европы 2005 года, а в 2007 году в Испании завоевал золото чемпионата Европы в составе взрослой сборной. На Универсиаде-2009 в Белграде форвард стал серебряным призером.