В сезоне 2010 года форвард провёл в футболке краснодарского клуба 27 матчей, в которых забил 8 мячей (2 – с пенальти).Как сообщает пресс-служба ФК «Кубань», перешел в «Кубань» в январе 2010 года и результативно дебютировал уже в поединке 1-го тура против курского «Авангарда». В 20-ти играх из 27-ми Калимуллин попадал в стартовый состав, но лишь четырежды отыграл «от свистка до свистка» — в домашних встречах с «Ротором» и «Иртышом», а также в Нижнем Новгороде (с «Волгой») и в родных Набережных Челнах.
В сезоне–2011/12 нападающий провел на поле 31 минуту, выйдя на замену в игре 1-го тура против «Рубина». В марте Рустем получил предложение от брянского «Динамо», и клуб не стал препятствовать переходу. – Мы благодарны Рустему за время, которое он провел в «Кубани», за его вклад в тот успех, которого мы добились в прошлом сезоне, – прокомментировал главный тренер «Кубани» . – Но мы движемся вперед, при этом меняется модель игры, меняется состав. В футболе это естественный процесс.