Как собщает Lenta.ru со ссылкой на сайт организации, был освобожден от должности 15 марта. О причинах его отставки не сообщается.
Между тем 12 марта СМИ опубликовали выдержки из доклада под названием «Избирательная система и успешность государства», якобы подготовленного Центром проблемного анализа при научном руководстве главы РЖД . В газете «РБК Daily» сообщалось, что, опираясь на «специальные математические методы» авторы документа пришли к выводу, что в результате парламентских выборов, состоявшихся в России в декабре 2011 года, победу одержала в действительности не «Единая Россия», а КПРФ.
Публикация отрывков из доклада вызвали волну комментариев. Так, в «Единой России» исследование назвали «наукообразной чушью», а в КПРФ усмотрели в нем попытку дискредитировать коммунистов. Источники «Коммерсанта» и «Интерфакса» в Кремле заявили, что легитимность выборов определяет ЦИК, в то время как глава ЦИК посоветовал обращаться за комментариями по поводу доклада к психиатрам.
15 марта по поводу публикации высказался и сам Якунин. Глава РЖД и научный руководитель Центра проблемного анализа попросил не связывать его имя с данной работой, подчеркнув, что он не согласен ни с «содержательной частью» доклада, ни с его публикацией от имени центра. По его словам, доклад был подготовлен в 2012 году гендиректором центра Степаном Сулакшиным, однако достоверность его выводов была поставлена под сомнение. Публикацию выдержек из текста исследования Якунин назвал «нарушением действующего порядка», которое, по его словам, должно было стать темой внеочередного заседания попечительского совета.