находится под стражей с октября 2003 года. Он был обвинен в хищениях и неуплате налогов. Акции «ЮКОСа» вскоре после ареста Ходорковского были арестованы Генпрокуратурой РФ. Вместе с Ходорковским перед судом предстал его бизнес-партнер Платон Лебедев. Оба предпринимателя были признаны виновными в ряде экономических преступлений и получили по 8 лет тюрьмы. По данным Forbes за 2004 год, состояние Ходорковского насчитывало 15,2 миллиарда долларов.
В конце 2006 года в отношении Ходорковского и Лебедева было заведено второе дело — о хищении нефти. По совокупности приговоров бизнесмены получили по 14 лет тюрьмы, позже срок заключения был незначительно снижен. В случае если они не попадут под амнистию, Лебедев должен быть освобожден 2 мая 2014 года, а Ходорковский — 25 августа 2014 года.
Дела Ходорковского и Лебедева вызвали большое количество нареканий со стороны правозащитников и обвинений в политической мотивированности следствия. Экономические эксперты, готовившие экспертизу по второму делу, пришли к выводу, что состава преступления в действиях Ходорковского и Лебедева нет, однако суд не прислушался к ним.