Как сообщает пресс-служба компании, такие работы требуют серьезных природоохранных мер, поэтому на 2013 год в бюджете комплекса на эти цели заложено порядка 600 млн. рублей. В 2014 году на постройку новых очистных сооружений и дальнейшие мероприятия по охране окружающей среды Туапсинский НПЗ потратит около 7 млрд. рублей.
В 2012 году весь комплекс природоохранных мероприятий обошелся туапсинским нефтяникам примерно в 4 млрд. рублей.
Для улучшения экологической ситуации на реке Туапсе специалисты почистили ее пойму и создали систему, исключающую загрязнение реки нефтепродуктами.
Также при реконструкции на туапсинском нефтеперерабатывающем комплексе установили воздухозащитные устройства. Они появились после строительства глубоководного нефтеналивного причала. Система воздухозащиты предусматривает отведение паров нефтепродуктов при загрузке танкеров к газоуловителям, которые также находятся на территории нефтеперерабатывающего комплекса.